Em 24 de Março de 1791 emitiu uma Provisão com o seguinte teor: ”Havemos por bem criar outro seminário com a invocação de São Caetano em que os Órfãos e Expostos desamparados sejam nutridos com o leite da educação cristã e ensinados a ler, escrever e contar habilitando-se para o destino que lhe for mais genial… “.

Começou a funcionar com 16 rapazes numas casas da Mitra, no Campo dos Touros, sob a direção do Padre Miguel Luís Pipa, como Reitor. A orientação foi entregue pelo Arcebispo a um Reitor para seguir o “Plano da Educação dos Meninos Órfãos e Expostos do Seminário de S. Caetano”, elaborado pelo próprio D.Frei Caetano Brandão.

Desde o início tiveram formação geral onde aprendiam a ler e a escrever, a aritmética, o desenho, a música, o catecismo e oficinas de carpintaria, de sapataria e alfaiataria para se prepararem para exercer uma profissão. Em 1793 criou igualmente o Conservatório das Órfãs do Menino Deus, contíguo ao Recolhimento de S. Domingos da Tamanca, para meninas. Instalou na Arquidiocese 20 escolas para o ensino de meninas pobres, onde se ensinava leitura e cálculo e as técnicas de ação e confecção.

Não só incentivou a educação geral e profissional, como também fomentou o desenvolvimento dos diferentes ramos da atividade económica, promovendo a realização de certames agrícolas e industriais. Logo em 1792 publicou um edital em que propunha vinte prémios para lavradores que ampliassem a cultura da oliveira e do linho, artífices que fizessem os maiores progressos na suas artes. Como Provedor da Misericórdia de Braga criou em 1798, no Hospital de S. Marcos, a Escola Cirúrgica e um curso de enfermagem, bem como, uma farmácia.

Com o andar dos tempos foi necessário adaptar a designação às novas realidades e mentalidades. Assim deixou de se chamar seminário, (ficando este termo a designar a casa onde se preparavam os candidatos a sacerdotes), e passou a chamar-se Colégio dos órfãos de S. Caetano, desde 18 de Julho de 1856 até 18 de Janeiro de 1973, que com a atualização dos estatutos passou a chamar-se simplesmente Colégio de São Caetano.

Desde a sua fundação até à implantação da República esta Instituição foi dirigida por Padres Reitores, entre eles o Padre Cruz e vários Padres Salesianos. O carisma salesiano foi implantado, pela primeira vez em Portugal, no Colégio de São Caetano, entre 1894 e 1911. A partir de Braga, alargou-se a outras zonas do país. No Colégio de São Caetano implementaram uma educação exemplar, onde cada padre foi um pedagogo e um pai, onde cada professor foi um educador, onde o obediência passou a ser substituída pelo prazer de conviver, aprender, estudar e ser alguém.

Entre 1911 e 1932 a orientação da Instituição esteve a cargo de diversos Diretores e a partir de 1933 esteve entregue aos Irmãos das Escolas Cristãs, também conhecidos como Irmãos De La Salle ou Irmãos Lassalistas. Esta congregação religiosa entrou pela primeira vez em Portugal, através do Colégio de São Caetano, em 7 de Setembro de 1933, a convite do Cónego Dr. José Martins Gonçalves e com as pertinentes diligências de D. António Bento Martins Júnior e D. Manuel Vieira de Matos.

Atualmente o Colégio, consciente do seu papel de intervenção e de oportuna definição de rumos, continua a aposta na sua Casa de Acolhimento Residencial, garantindo a transição para os novos modelos, normas e desafios no âmbito desta resposta social, e pretende, em conformidade com a sua história e missão de mais de dois séculos, garantir novos repostas que respondam às necessidades reais dos que mais precisam. Por isso, olhamos para o passado, para o presente e para o amanhã com vontade de nos superarmos, acreditando que o futuro é querer ir mais além.