Bispo
Desde cedo popularizou-se a notícia dos seus dotes espirituais, a retidão de carácter, a desvelada caridade, a pobreza e simplicidade.
D. Frei Caetano Brandão foi nomeado Bispo de Belém do Grão Pará, Brasil, em 2 de Agosto de 1782. A confirmação do Papa Pio VI chega a 6 de Dezembro de 1782 e a sagração episcopal realiza-se em Lisboa a 2 de Fevereiro de 1783. Parte para o Brasil e toma posse da Diocese a 1 de Novembro de 1783. No Brasil exerce uma ação pastoral reformadora e disciplinadora através dos seus escritos e das visitas pastorais.
Não permanece muitos anos no Brasil, pois a 28 de Abril de 1789 é nomeado para Arcebispo de Braga, sucedendo a D. Gaspar de Bragança, tio da Rainha D. Maria I.
Entrou em Braga a 17 de Setembro de 1790. Nesse ano acabou o senhorio eclesiástico de Braga, deixando o Arcebispo de ser “Senhor de Braga” (administração civil e judicial). Foi muito criticado pelo silêncio face a esta supressão pelo poder civil.
Imbuído do espírito franciscano, vem decidido a cuidar dos desfavorecidos da sociedade e a reformar os costumes. A educação, a saúde, o trabalho, a economia vão estar nos seus planos de ação. Mas uma das primeiras preocupações foi visitar as paróquias, pregando e crismando. Entre 1791 e 1804 visitou toda a extensa Arquidiocese de Braga. Efetuou treze Visitas Pastorais.
Revelou grande cuidado na formação do clero. Aplicou critérios mais exigentes na admissão às ordens sacras e submeteu os sacerdotes a exames periódicos.
Faleceu em Braga no dia 15 de Dezembro de 1805. O seu túmulo encontra-se na capela-mor da Capela da Piedade, na Sé de Braga.